logo
calendar6 декабр 2019
view1
Asosiy til:Rus

Oqsil foldingini o'rganish uchun chumoli algoritmini grafik protsessorlarda tatbiq etish

Fan yo'nalishi:
pdf

5de9eff849d93.pdf

PDF

MAQOLA ANNOTATSIYASI

quote
Oqsilni uchlamchi tuzilishini uning daslabki aminokislotali kеtma-kеtligi (protein folding problem: PFP) bo’yicha izlash masalasi – strukturali biologiyaning eng muhim masalalaridan hisoblanadi. Afsuski, hattoki ikki o’lchovli to’rdagi aminokislota qoldiqlarini gidrofob ta`sirinigina hisobga oluvchi HP-PFP-2 kabi mukammal bo’lmagan modеlning ham murakkablik darajasi NP hisoblanadi va faqatgina global optimallashtirishning evristik usullari bilan muvaffaqiyatli yechilishi mumkin, masalan, chumoli algoritmi yordamida. Maqolada oqsil foldingi masalasi uchun chumoli algoritmini takomillashtirish va parallеllashtirish usullari o’rganilgan. Parallel chumoli algoritmini grafik protsеssorlarga dasturiy tadbiqi to’liq tavsiflangan va hisoblash eksperimenti natijalari muhokama qilingan.

MUALIFLAR

Teglar

# алгоритм оптимизации муравьиной # фолдинг белков# графические процессоры# the ant colony optimization algo# protein folding problem# graphics processing units# oqsil foldingi# chumolilar koloniyasini optimall# grafik protsеssorlar

Maqolani baholang

0

0 ta

Maqola idintifikatorlari

Foydalanilgan adabiyotlar

Levinthal C. How to Fold Graciously // Mossbauer Spectroscopy in Biological Systems: Proceedings of a meeting held at Allerton House, Monticello, Illinois. J.T.P. DeBrunner and E. Munck eds., University of Illinois Press. - № 41, 1969. - Рp. 22-24.

Mann, M., S. Will, and R. Backofen. CPSP-tools - Exact and complete algorithms for high-throughput 3D lattice protein studies.Bmc Bioinformatics. - № 9(1), 2008. - 230 p.

Thachuk, C., A. Shmygelska, and H.H. Hoos, A replica exchange Monte Carlo algorithm for protein folding in the HP model // Bmc Bioinformatics № 8, 2007. – 342 p.

Gordon S. The self-avoiding walk: a brief survey // Proceednigs of the 33rd SPA Conference. Surveys in Stochastic Processes. Berlin: European Math. Society, 2010. - Рp. 181–199.

Shmygelska, A. and H.H. Hoos. An ant colony optimisation algorithm for the 2D and 3D hydrophobic polar protein folding problem // Bmc Bioinformatics. - № 6(1), 2005. – Рp. 30.

Thalheim T., Merkle D., Middendorf M. Protein folding in the HP-model solved with a hybrid population based ACO Algorithm // IAENG International Journal of Computer Science. - № 35 (3), 2008. - Рp. 291-300.

Xiao-Min Hu, Jun Zhang, Yun Li. Orthogonal methods based ant colony search for solving continious optimization problems // Journal of Computer Science and Technology. - № 23(1), 2008. - Рp. 2-18 (JCST_paper.pdf).

Stuzle T., Doringo M. A short convergence proof for a class of ACO algorithms // IEEE Transactions on Evolutionary Computation. – № 6(4), 2002. - Рp. 358-365.

Carvelli L., Sebastiani G. Some issues of aco algorithm convergence / Ant Colony Optimization - Methods and Applications, (Ed. A.Ostfeld) - InTech, 2011. - Рp. 39-52.

Гуляницкий Л. Рудык В. Анализ алгоритмов прогнозирования третичной структуры протеина на базе метода оптимизации муравьиными колониями // Problems of Computer Intellectualization (Eds. V.Velichko, O.Voloshin, K.Markov). – Kiev-Sofia: V.M.Glushkov Institute of Cybernetics, ITHEA, 2012. – Рp. 152-159.

Chu D., Till M., Zomaya A. Parallel ant colony optimization for 3D protein structure prediction using the HP lattice model // Proceedings 19th IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium. - № 07, 2005. - 193 p.

Chu D., Till M., Zomaya A. Parallel ant colony optimization for 3D protein structure prediction using the HP lattice model // Proceedings 19th IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium. - № 07, 2005. - 193 p.

Delisle P., Krajecki M., Gravel M., Gagne C. Parallel implementation of an ant colony optimization metaheuristic with OpenMP// Proceedings of the 3rd European Workshop on OpenMP (EWOMP'01), Barselona, 2001. - Рp. 8- 12.

Wen-mei W. Hwu. GPU computing gems emerald edition. - Morgan Kaufmann Publishers Inc. San Francisco, CA, USA, 2011. – 886 p.

Бекмуратов Т.Ф., Мухамедиева Д.Т., Базаров Р., Ахмедов Д.Д. Параллельный муравьиный алгоритм оптимизации // Узб. журнал «Проблемы информатики и энергетики». – Ташкент, 2014. - № 1-2. - С. 11-15.

Базаров Р.К. Программный продукт: «Параллельная версия программы, реализующей муравьиный алгоритм сворачивания белоков на плоскости (АСО-HPPFP-2)» // АИС РУз. Свидетельство № DGU-02697. 26.12.2012 г.

Базаров Р.К. Программный продукт: «Реализация муравьиного алгоритма для изучения фолдинга белков на плоскости методами программных агентов (Agent-ACOHPPFP-2)» // АИС РУз. Свидетельство № DGU- 04104. 09.12.2016 г.

Базаров Р.К. Программный продукт: «Реализация муравьиного алгоритма для изучения фолдинга белков на плоскости с помощью графических процессоров (GPU-ACO-HPPFP-2)» // АИС РУз. Свидетельство № DGU-03215. 08.07.2015 г.

Базаров Р.К. Решение задачи фолдинга белков в распределенных вычислительных грид-системах // «Проблемы информационных и телекоммуникационных технологий»: Сб. докладов Републиканской научно-технической конференции. 10-11 марта 2016. - Ташкент, 2016. Ч.2. - С. 130-131.

CUDA Zone [Электронный ресурс] / NVIDIA Corporation. – Режим доступа: https://developer.nvidia.com/cuda-zone.

public

SLIB.uz — O'zbekiston ilmiy jurnallari va maqolalar yagona tizimda ilmiy nashirlarni bir joyda ko'rish, izlash va ulardan foydalanish imkonini beruvchi zamonaviy platforma.

Ijtimoiy tarmoqlarda
instagramtelegramyoutubefacebook

Bog'lanish uchun

Manzil:Chilonzor tumani Qatortol ko'chasi 60B

Tel:+998(55)511-44-00

Savol-javob va takliflar uchun

© 2026 Barcha huquqlar himoyalangan.