В настоящей статье предложен алгоритм, программный модуль и способ визуализации промежуточных
результатов вычислительных экспериментов, в частности, молекулярного докинга на основе технологии
портлетов, устанавливаемых на специализированные веб-интерфейсы доступа к распределенным
вычислительным грид-системам. Предлагаемый программный модуль поможет исследователю качественно
оценить корректность постановки вычислительного эксперимента на удаленных вычислительных ресурсах,
вовремя внести поправки в исходные данные задания на расчет идущий в ложном направлении и своевременно
перезапустить задачу. Что позволит рационально использовать процессорное время дорогостоящего серверного
оборудования.
В настоящей статье предложен алгоритм, программный модуль и способ визуализации промежуточных
результатов вычислительных экспериментов, в частности, молекулярного докинга на основе технологии
портлетов, устанавливаемых на специализированные веб-интерфейсы доступа к распределенным
вычислительным грид-системам. Предлагаемый программный модуль поможет исследователю качественно
оценить корректность постановки вычислительного эксперимента на удаленных вычислительных ресурсах,
вовремя внести поправки в исходные данные задания на расчет идущий в ложном направлении и своевременно
перезапустить задачу. Что позволит рационально использовать процессорное время дорогостоящего серверного
оборудования.
Ishda portlеt tеxnologiyasi asosida molеkulyar birikishning oraliq natijalarini vizualizatsiyalash usulining algoritmi va
dasturiy modullari taklif etilgan. U alohida rеsurslardagi hisoblashlarni to’g’riligini baholashga va topshiriqdagi
xatoliklarga o’z vaqtida to’g’irlashlar kiritishga hamda vazifani qayta ishga tushirishga yordam bеradi. Bu sеrvеr
qurilmasining protsеssor vaqtini ratsional qo’llash imkonini bеradi.
The paper deals with the development of algorithm, program module and the method of visualization. The suggested
method of visualization intermediate results of molecular docking tasks is based on portlet technology. The developed
porltet helps investigators to estimate correctness of calculations in runtime. Users can restart the task with other
parameters, if the calculation is not correct. This allows more efficient use of the remote computational resources.
| № | Author name | position | Name of organisation |
|---|---|---|---|
| 1 | Bruskov V.P. | старший научный сотрудник | Института химии растительных веществ АН РУз |
| 2 | Bazarov D.K. | младший научный сотрудник | Центра разработки программных продуктов и аппаратно-программных комплексов при Ташкентском университете информационных технологий |
| 3 | Bazarov R.K. | младший научный сотрудник | Центр разработки программных продуктов и аппаратно-программных комплексов при Ташкентском университете информационных технологий |
| № | Name of reference |
|---|---|
| 1 | Ладик Я. Квантовая биохимия для химиков и биологов. - Москва : Издательство «Мир», 1975. |
| 2 | AutoDock [Электронный ресурс] / The Scripps Research Institute. - Режим доступа: http://autodock.scripps.edu. |
| 3 | Trott O., Olson A.J. AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading // Journal of Computational Chemistry, 31 (2010), 455-461 |
| 4 | Bruskov V., Bazarov R., Bazarov D. Development of the grid-infrastructure for molecular docking problems // Proceedings of NEC’2011. - Varna, Bulgaria, - Pp.64-68 (2011г) |
| 5 | Z. Farkas, P. Kacsuk, P-GRADE Portal: A generic workflow system to support user communities, Future Generation Computer Systems, - 2011 - Vol. 27, - Is. 5, - Pp. 454-465, |
| 6 | Java Specification Request 168 [Электронный ресурс] / Oracle Corporation. - Режим доступа: http://www.jcp.org/en/jsr/detail?id=168. |
| 7 | GridSphere [Электронный ресурс] / GitHub Inc. - Режим доступа: https://github.com/brandt/GridSphere |
| 8 | P-GRADE Grid Portal [Электронный ресурс] / Slashdot Media - Режим доступа: https://sourceforge.net/projects/pgportal/files/pgportal/pgportal-2.10.1 |
| 9 | Angel Herráez. How to use Jmol to study and present molecular structures, - Vol.1. Lulu Enterprises: Morrisville, NC, USA ,2007, ISBN 978-1-84799-259-8. |
| 10 | Gutiérrez E., Costantini A., López Cacheiro J., Rodríguez, A. G-FLUXO: A workflow portal specialized in Computational BioChemistry. In: 1st Workshop IWPLS 2009 (2009), http://www.nesc.ac.uk/esi/events/1000/. |
| 11 | Свидетельство № DGU 03140. Программный продукт «Портлет визуализации промежуточных результатов молекулярного докинга на основе Jmol» / В.П. Брусков, Д.К. Базаров, Р.К. Базаров, Н.Д. Абдуллаев ; АИС Руз, Ташкент. Загеристр. 11052015г. |