Жемчужинами среди рукописей и литографий библиотечной коллекции являются произведения Алишера Навои. Они переписывались множество раз, как при жизни поэта, так и после его смерти, вплоть до XIX века. Наиболее ценные рукописи и литографии произведений Алишера Навои, среди которых «Махбуб ул-кулуб», переписанные Муллой Хакназаром Усто Бешарикий Курбон в 1254 году хиджры, хранятся в фонде службы. Произведение Алишера Навои «Тарихи мулуки ажам» впервые было издано печатным способом в 1785 году в Вене (Австрия) под названием «Тарихи фанойи». В фонде Службы рукописей, уникальных и особо ценных изданий хранятся 18 рукописей и литографических изданий и 50 произведений Алишера Навои, изданных в разные времена в разных странах