logo
calendar28 Noyabr 2019
view40
Main language:Russian

The program module of visualization of intermediation results of molecular docking problem

Field of Science:
pdf

5ddfa1322138c.pdf

PDF

Hisoblash va amaliy matematika muammolari

Hisoblash va amaliy matematika muammolari

Publish Articlesee more

ARTICLE ANNOTATION

quote
The paper deals with the development of algorithm, program module and the method of visualization. The suggested method of visualization intermediate results of molecular docking tasks is based on portlet technology. The developed porltet helps investigators to estimate correctness of calculations in runtime. Users can restart the task with other parameters, if the calculation is not correct. This allows more efficient use of the remote computational resources.

AUTHORS

V.Bruskov

Института химии растительных веществ АН РУз

D.Bazarov

Центра разработки программных продуктов и аппаратно-программных комплексов при Ташкентском университете информационных технологий

R.Bazarov

Центр разработки программных продуктов и аппаратно-программных комплексов при Ташкентском университете информационных технологий

Tags

# визуализация# visualization# грид-портал# jmol# молекулярный докинг# grid-portal# visualizatsiya# molekular doking# molecular docking

OTHER ARTICLES IN THIS JOURNAL

Rate Article

0
0 ratings
5
4
3
2
1

Article Identifiers

ROI:

https://eroi.uz/11.0007/A1119-0044

DOI:

Not Available

References

Ладик Я. Квантовая биохимия для химиков и биологов. - Москва : Издательство «Мир», 1975.

AutoDock [Электронный ресурс] / The Scripps Research Institute. - Режим доступа: http://autodock.scripps.edu.

Trott O., Olson A.J. AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading // Journal of Computational Chemistry, 31 (2010), 455-461

Bruskov V., Bazarov R., Bazarov D. Development of the grid-infrastructure for molecular docking problems // Proceedings of NEC’2011. - Varna, Bulgaria, - Pp.64-68 (2011г)

Z. Farkas, P. Kacsuk, P-GRADE Portal: A generic workflow system to support user communities, Future Generation Computer Systems, - 2011 - Vol. 27, - Is. 5, - Pp. 454-465,

Java Specification Request 168 [Электронный ресурс] / Oracle Corporation. - Режим доступа: http://www.jcp.org/en/jsr/detail?id=168.

GridSphere [Электронный ресурс] / GitHub Inc. - Режим доступа: https://github.com/brandt/GridSphere

P-GRADE Grid Portal [Электронный ресурс] / Slashdot Media - Режим доступа: https://sourceforge.net/projects/pgportal/files/pgportal/pgportal-2.10.1

Angel Herráez. How to use Jmol to study and present molecular structures, - Vol.1. Lulu Enterprises: Morrisville, NC, USA ,2007, ISBN 978-1-84799-259-8.

Gutiérrez E., Costantini A., López Cacheiro J., Rodríguez, A. G-FLUXO: A workflow portal specialized in Computational BioChemistry. In: 1st Workshop IWPLS 2009 (2009), http://www.nesc.ac.uk/esi/events/1000/.

Свидетельство № DGU 03140. Программный продукт «Портлет визуализации промежуточных результатов молекулярного докинга на основе Jmol» / В.П. Брусков, Д.К. Базаров, Р.К. Базаров, Н.Д. Абдуллаев ; АИС Руз, Ташкент. Загеристр. 11052015г.