227

В  данной  работе  для  определения  потенциальных  генов, 
расположенных в маркированных участках были аннотированы отобранные кандидатные 
маркеры.  Для  этого  были  использованы  последовательности  соответствующих 
праймерных  пар,  амплифицирующих  кандидатные  маркеры,  и  полный  геном  вида  G. 
hirsutum. Данные  анализа  виртуальных  ампликонов  позволили  аннотировать маркерные 
участки  локусов BNL1604. Результаты  in  silico ПЦР  и BLAST  анализа  были  определены 
предполагаемые гены, ответственные за развитие волокна в хлопчатнике. 

  • Web Address
  • DOI
  • Date of creation in the UzSCI system26-11-2020
  • Read count213
  • Date of publication24-11-2020
  • Main LanguageRus
  • Pages91-97
Русский

В  данной  работе  для  определения  потенциальных  генов, 
расположенных в маркированных участках были аннотированы отобранные кандидатные 
маркеры.  Для  этого  были  использованы  последовательности  соответствующих 
праймерных  пар,  амплифицирующих  кандидатные  маркеры,  и  полный  геном  вида  G. 
hirsutum. Данные  анализа  виртуальных  ампликонов  позволили  аннотировать маркерные 
участки  локусов BNL1604. Результаты  in  silico ПЦР  и BLAST  анализа  были  определены 
предполагаемые гены, ответственные за развитие волокна в хлопчатнике. 

English

In this paper, selected candidate markers have been annotated to identify potential 
genes  located  in  labeled  areas. For  this  purpose,  the  sequences  of  the  corresponding  primer  pairs 
amplifying candidate markers and the complete genome of the species G. hirsutum were used. Data 
analyses of virtual amplicons have allowed annotating marker regions of the BNL1604 loci. Results 
of  in  silico  PCR  and  BLAST  analysis  have  identified  putative  genes  responsible  for  fiber 
development in cotton. 

Ўзбек

Мақолада  биоинформатик  дастурлардан  фойдаланиб  ғўзанинг  тола 
cифат белгиларига генетик бириккан BNL1604 ДНК маркери жойлашган геном ҳудудидан 
толанинг  ривожланишида  иштирок  этувчи  номзод  ген  ва  оқсилларни  аниқлаш  бўйича 
олинган натижалар  ёритилган. Тадқиқотларимизда номзод  ген  ва оқсилларни аниқлашда 
In  siliсo  ПЗР,  AUGUSTUS  ва  BLAST  веб-иловаларидан  фойдаланилди.  Биоинформатик 
таҳлиллар  натижасида  толанинг  шаклланишида  иштирок  этиши  мумкин  бўлган  бир 
нечта номзод ген ва оқсиллар аниқланди.

№ Author name position Name of organisation
1 Komilov .J.
2 Darmanov M.M.
3 Kamburova V.S.
4 Turaev O.S.
5 Tulanov A.A.
6 Buriev Z. .
7 Abdurakhmonov .Y.
№ Name of reference
1 Kushanov F.N., Klyueva M.V., Salaxutdinov I.B., Abduraxmonov I.YU. // In silico xarakteristika markernix QTL, assotsiirovannix s fotoperiodicheskim sveteniem xlopchatnika // Uzb. biol. jurn. 2016 g. Spetsvipusk. St.50-53.
2 A. Bulak Arpat, Mark Waugh, John P. Sullivan, Michael Gonzales, David Frisch, Dorrie Main, Todd Wood, Anna Leslie, Rod A. Wing and Thea A. Wilkins / Functional genomics of cell elongation in developing cotton fibers. Plant Molecular Biology 54: 911– 929, 2004
3 Li F. «Genome sequence of cultivated Upland cotton (Gossypium hirsutum TM-1) provides insights into genome evolution.» Nat Biotechnol., 2015: 524-30.
4 Okonechnikov K, Golosova O, Fursov M, the UGENE team. «Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit.» Bioinformatics, 2012, izd. 28: 1166-1167.
5 Qing Miao, Peng Deng, Sukumar Saha, Johnie N. Jenkins, Chuan-Yu Hsu, Ibrokhim Y. Abdurakhmonov, Zabardast T. Buriev, Alan Pepper, Din-Pow Ma* / Transcriptome Analysis of Ten-DPA Fiber in an Upland Cotton (Gossypium hirsutum) Line with Improved Fiber Traits from Phytochrome A1 RNAi Plants. American Journal of Plant Sciences, 2017, 8, 2530-2553
6 Kentaro Tamura and Ikuko Hara-Nishimura / The molecular architecture of the plant nuclear pore complex. Journal of Experimental Botany, Vol. 64, No. 4, pp. 823-832, 2013
7 Zuoren Yang, Chaojun Zhang, Xiaojie Yang, Kun Liu, Zhixia Wu, Xueyan Zhang, Wu Zheng, Qingqing Xun, Chuanliang Liu, Lili Lu, Zhaoen Yang, Yuyuan Qian, Zhenzhen Xu, Changfeng Li, Jia Li and Fuguang Li / PAG1, a cotton brassinosteroid catabolism gene, modulates fiber Elongation. New Phytologist (2014) 203: 437–448
8 Chao-You Pang, Hui Wang, Yu Pang, Chao Xu, Yue Jiao,Yong-Mei Qin, Tamara L. Western, Shu-Xun Yu and Yu-Xian Zhu / Comparative Proteomics Indicates That Biosynthesis of Pectic Precursors Is Important for Cotton Fiber and Arabidopsis Root Hair Elongation. Molecular & Cellular Proteomics, 9, 2019-2033. doi: 10.1074/mcp.M110.000349 (2010)
9 Yan Sun, Suresh Veerabomma, Haggag A. Abdel-Mageed, Mohamed Fokar, Tadao Asami, Shigeo Yoshida and Randy D. Allen / Brassinosteroid Regulates Fiber Development on Cultured Cotton Ovules. Plant Cell Physiol. 46(8): 1384–1391 (2005)
10 Santosh Kumar Gupta, Amit Kumar Rai, Shamsher Singh Kanwar, and Tilak R. Sharma, / Comparative Analysis of Zinc Finger Proteins Involved in Plant Disease Resistance. PLOS ONE. 2012
11 Thomas Kroj, Emilie Chanclud, Corinne Michel-Romiti, Xavier Grand and Jean- Benoit Morel / Integration of decoy domains derived from protein targets of pathogen effectors into plant immune receptors is widespread. New Phytologist (2016) 210: 618–626
Waiting